De kennisagenda MBRT beschrijft de onderzoekslijnen waarbinnen praktijkgericht onderzoek wordt uitgevoerd. De onderzoekslijnen zijn beschreven in vijf  voor de opleiding relevante thema’s, namelijk:

1. Dosisoptimalisatie
2. Organisatie van de zorg
3. Kwaliteit van leven
4. Patiëntbegeleiding in zorg en technologie
5. Artificial Intelligence (AI) en deep learning (DL) technieken

Binnen elk thema zijn extern geïnitieerde onderzoeklijnen beschreven, die onder andere door MBRT studenten worden uitgevoerd bij externe partners (opdrachtgevers) binnen het praktijkgericht afstudeeronderzoek in jaar 4 van de opleiding en onderzoekslijnen die geïnitieerd zijn door docent-onderzoekers van de opleiding in samenwerking met externe partners; de intern geïnitieerde onderzoeklijnen.